Construite de 1627 à 1655 par les pères Carmes pour leurs activités apostoliques l’église fait partie d’un complexe - couvent et église - qui s’étend de la rue de Fer à la rue des Carmes. Elle est fermée lorsque le pouvoir révolutionnaire français installé à Namur expulse les religieux1.

Lorsque la liberté de culte est rétablie dans les Pays-Bas méridionaux l’église est rouverte (en 1818) comme église paroissiale sous le patronyme de Saint-Joseph. Elle est classée au patrimoine de Wallonie en 1936.

Pour des raisons de sécurité, l’église est fermée au public depuis mars 20082. La charpente en bois de la toiture - réalisée sans un seul clou - se disloque lentement, n'étant plus qu'à peine supportée par les murs latéraux et menace de s’effondrer par le centre. La région wallonne a mis à l’étude un projet de restauration. Dans l’entretemps les offices religieux sont célébrés dans une chapelle à l’arrière de l’église.